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La pianta di pomodoro è molto delicata oltre che utile e quindi può essere colpita da molte malattie o parassiti. I più importanti e pericolosi possono essere raggruppati in quattro famiglie: i funghi, i batteri, gli insetti e infine i nematodi ovvero dei semplici animali vermiformi. Al primo gruppo appartengono esemplari come: l’Alternaria alternata, la Leveillula taurica, il Pythium debarianum e il Cladosporium fulvum. I batteri che colpiscono i pomodori invece sono solo tre e sono: il Corynebacterium michiganense ovvero il cancro batterico del pomodoro, lo Pseudomonas syringae pv. tomato ovvero la macchiettatura batterica e infine lo Xanthomonas campestris pv. vesicatoria ovvero la maculatura batterica del pomodoro. Anche gli insetti sono in numero piuttosto ridotto e sono: la Nezara viridula, il Thrips tabaci e per finire il Trialeurodes vaporariorum. Per quanto riguarda i nematodi, per concludere, ne esiste solo un tipo in grado di danneggiare le piante di pomodoro, ovvero le Meloidogyne che provocano delle escrescenze sulle radici.